Hạt rất cần đề làm giống cho vụ sau, duy trì thông tin ditruyền. Khả năng nẩy mầm của hạt và sự phát triển cây non khỏe mạnh tùy thuộcvào phẩm chất hạt cộng với yếu tố môi trường ví dụ như dinh dưỡng. Cà chua (Solanum lycopersicum)và nhiều loài cây khác được người ta quan tâm nhiều đến phẩm chất hạt và đặcđiểm của phát triển cây non, bởi biến dị di truyền cũng như môi trường dinhdưỡng của cây mẹ ở đó, hạt giống được phát triển và chín sinh lý. Đóng góp củadi truyền biến thiên khác lớn đối với phẩm chất hạt và phẩm chất cây non gắnvới đáp ứng của môi trường. Tất cả có thể được dự đoán ở mức độ transcriptomecủa hạt khô thông qua các loci được lập bản đồ trên genome mà những loci ấy ảnhhưởng đền biểu hiện gen (biểu hiện QTLs) phản ánh môi trường cây mẹ sinh sống.Theo kết quả nghiên cứu, người ta áp dụng kỹ thuật “RNA-sequencing” để thiết kếmột bản đồ di truyền kiểu “linkage map”, xác định biểu hiện gen của hạt thuộcquần thể con lai cận giao tái tổ hợp (RIL: recombinant inbred line) dẫn xuất từtổ hợp lai giữa S.lycopersicum (cv. Moneymaker) x S. pimpinellifolium (G1.1554).Hạt chín cây trong những nghiệm thức khác nhau về dinh dưỡng, i.e., nghiệm thứclân cao hoặc nghiệm thức đạm thấp. Chỉ thị phân tử SNPs (single-nucleotidepolymorphisms) được sử dụng phục vụ bản đồ di truyền này. Nền tảng di truyềnmang tính chất thích ứng (genetic landscape of plasticity) trong nội dung điềutiết biểu hiện gen (gene regulation) tính trạng hạt khô, bị ảnh hưởng bởi mộitrường dinh dưỡng cây mẹ (maternal nutrient environment). Thông tin tổng hợplại về biến dị di truyền đáp ứng với môi trường có thể góp phần giúp chúng tahiểu rõ hơn trong chương trình cải tiến giống thích ứng với điều kiện ngoạicảnh.