Lúa là cây trồng rất nhạy cảm với stress mặn, đặc biệtở giai đoạn mạ, sản lượng lúa bị ảnh hưởng nặng nề bởi mặn bởixâm nhập mặn ngày càng lớn rộng hơn. Mục tiêu gia tăng năng suấtlúa trên vùng canh tác bị xâm nhập mặn trở nên cần thiết. Hiện nay,phương pháp GWAS (genome-wide association study) được các nhà khao họcchọn làm “fine mapping” những QTLs trong hệ gen cây trồng điều khiểnphản ứng với stress phi sinh học bao gồm mặn ở giai đoạn mạ. Theo kếtquả nghiên cứu, có hơn > 33.000 chỉ thị phân tử SNP được phân lậptrong hệ gen cây lúa liên quan đến chống chịu mặn ở giai đoạn mạ. Támtính trạng nông học có liên quan đến chống chịu mặn là chiều dàichồi thân (SL), chiều dài rễ (RL), khối lượng rễ khô (RDW), khối lượngrễ tươi (RFW), khối lượng chồi thân tươi (SFW), khối lượng chồi thân khô(SDW), hàm lượng nuóc tương đối (RWC: relative water content) và TW. Bốntính trạng dẫn xuất từ ấy là SL-R, RL-R, RDW-R và RFW-R trong mộtpanel khác cũng được đánh giá trong điều kiện xử lý mặn (100 mM NaCl)và điều kiện bình thường trong buồng tăng trưởng. Genome-wideassociation study (GWAS) được áp dụng theo mô phỏng toán học MLM(+Q + K).Trong điều kiện bị stress mặn, có 151 phối hợp giữa tính trạng vàmarker được xác định; phân bố rải rác trên 10 nhiễm sắc thể cây lúavới 29 vùng genomic. Vùng trọng diểm nằm trên nhiễm sắc thể 1 (11,26Mbp) được xác định có trùng lắp với QTL nổi tiếng SalTol1 điềukhiển chống chịu mặn ở giai đoạn mạ. Một gen ứng cử viên (Os01g0304100) đượcphân lập ở vùng này, nó mã hóa protein có tên cation chloride cotransporter.Bên cạnh đó, còn có hai gen ứng cử viên tại vùng này, Os01g0624700(24.95 Mbp) và Os01g0812000 (34,51 Mbp), được phânlập, chúng mã hóa protein WRKYtranscription factor (WRKY 12) và transcriptional activator của gibberellin-dependentalpha-amylase expression (GAMyb), theo thứ tự. Một đoạnphân tử hẹp trên cùng nhiễm sắc thể này (40,79-42,98 Mbp) mang 12 genứng cử viên khác, một vài gen không quá xa với gen chính điều khiểnchống chịu mặn ở giai đoạn mạ. Hai trong số các gen này là Os01g0966000 và Os01g0963000, mãhóa protein plasmamembrane (PM) H+-ATPase và peroxidase BP1.Một gen ứng cử viên được xác định trênnhiễm sắc thể 2 (Os02g0730300 ởvị trí 30,4 Mbp) mã hóa protein highaffinity K+ transporter (HAK). Trên nhiễm sắcthể 6, có DnaJ-encodinggene và pseudouridinesynthase gene cũng được xác định. Hai gen mới địnhvị trên nhiễm sắc thể 8 bao gồm ABI/VP1 transcription factor và retinoblastoma-related protein(RBR), và 3 gen mới trên nhiễm sắc thể 11 bao gồm Lox, F-box và Na+/H+ antiporter. Hiểubiết những gen ứng cử viên mới trong nghiên cứu này có thể đượcc ứngdụng để cải tiến giống lúa cao sản chống chịu mặn theo chương trìnhchọn giống phân tử. Những thâm cứu trong tương lai và xác định genhiệu quả điều khiển chống chịu mặn thông qua phân tích gen ứng cửviên, có thể giúp nhà chọn giống hiểu được cơ chế chống chịu mặn ởmức độ phân tử. Thời gian mà sự phụ thuộc giữa tính chống chịu mặnvà mức độ thể hiện gen ứng cử viên có thể được giải thích.