Tái tổ hợp giai đoạn gían phân giảm nhiễm được điềutiết bởi cả hai yếu tố di truyền chính thống và di truyền biểu sinhví dụ như hiện tượng methyl hóa phân tử  DNA. Trong cây bắp, ngườita tìm thấy thể đột biến mop1 chuyểndịch methyl hóa CHH (khi đó H = A, T, hoặc C) mà sự kiện ấy lập tứcgắn với các vị trí của tái tổ hợp thường gặp trên vai nhiễm sắcthể và vùng tâm động. Người ta  còn tìm thấy đột biến mop1 làm giatăng tần suất gián phân giảm nhiễm ở trên vai nhiễm nhưng làm giảm sựgiảm phân trong vùng tâm động. Cơ sở dữ liệu nghiên cứu này chứng minhrằng cho dù methyl hóa CHH hiện hữu ở mức độ thấp hơn methyl hóa CGvà CHG, nhưng nó có một ảnh hưởng ngay sau đó đối với tần suất táitổ hợp, cho thấy vai trò quan trọng của methyl hóa DNA ảnh hưởng trựctiếp đến RNA trong tái tổ hợp giảm phân của cây bắp. Sự tái tổ hợpgiảm phân (meiotic recombination) là một tiến trình căn bản tạo ra kếtquả đa dạng di truyền và đảm bảo sự kiện phân ly chính xác củanhiễm sắc thể tương đồng. Trong khi người ta biết rằng các yếu tố ditruyền điều tiết tái tổ hợp như vậy, tương đối còn mù mờ đối vớiyếu tố di truyền biểu sinh (epigenetic factors), ví dụ như sự methylhóa DNA. Trong cây bắp, người ta xem xét  ảnh hưởng của tái tổhợp giảm phân một đột biến gen trong một hợp phần của chu trìnhmethyl hóa DNA ảnh hưởng trực tiếp RNA (RNA-directed DNA methylation),gen Mop1 (Mediator of paramutation1),cũng như đột biến kiểu can thiệp nhỏ thuộc loại hình trans-acting thuộcchu trình sinh tổng hợp phân tử RNA, Lbl1 (Leafbladeless1).MOP1 là đặc biệt nhất khi đề cập tái tổ hợp bởi vì nó chuyên biệtcho phản ứng methyl hóa của những nguyên tố chuyển vị (transposableelements) mà chúng gắn ngay sau đó với gen hoạt động có tính chấtphiên mã. Trong đột biến lặn mop1,người ta tìm thấy tái tổ hợp giảm phân bị giảm đi rất đồng đềutrong vùng tâm động, nhưng tăng trong vai nhiễm rất giàu gen đích. Quansát này được xác định bởi phân tích di truyền tế bào. Kết quả làcho dù số lần quấn chéo không đổi, nhưng chúng xảy ra thôngthường hơn trên vai nhiễm của đột biến gen mop1. Áp dụng kỹthuật whole genome bisulfitesequencing, số liệu cho thấy có sự phân bố lại cáchquấn chéo bởi sự mất đi methyl hóa CHH (H = A, T, hoặc C) trong nhữngvùng rất gần với gen đích. Tráì lại, người ta quan sát độtbiến mop1 khôngthay đổi đáng kể  tần suất tái tổ hợp giảm phân trong đột biến lbl1. Số liệuthí nghiệm chứng minh rằng sự methyl hóa CHH  có tác động đángkể đến tất cả tái tổ hợp tổng thể trong hệ gen cây bắp cho dù tầnsuất thấy liên quan đến methyl hóa CG và CHG.