Nghiên cứu được thực hiệnnhằm đánh giá đa dạng di truyền của các cá thể ba kích trong các quần thể thuthập từ rừng trồng tự nhiên tại Tây Giang, tỉnh Quảng Nam và Ba Chẽ, tỉnh QuảngNinh. Từ 11 mồi, chọn lọc được 6 mồi ISSR cho đa hình với số alen hiệu quảtrung bình là 8,7. Kết quả đánh giá bằng chỉ thị ISSR có tổng số 52 alen từ 11chỉ thị ISSR được phát hiện trên tổng số 45 cá thể thuộc ba quần thể nghiên cứu.Cây phân loại được xây dựng bằng phần mềm NTCYS 2.1 dựa trên hệ số tương đồngJaccard, thuật toán UPGMA cho thấy 45 mẫu ba kích nghiên cứu được chia thành 2nhóm lớn với hệ số tương đồng di truyền dao động trong khoảng 0,61 đến 1,0. Hệsố sai khác di truyền quần thể Nei Gst=0,3278 và hệ số trao đổi gen quần thể(gene flow) Nm= 1,0253. Điều này có thể khẳng định trong quần thể ba kích tựnhiên thuộc Quảng Nam và Quảng Ninh có sự đa dạng ở mức độ phân tử. Kết quả nàysẽ hữu ích cho bảo tồn, chọn tạo ba kích tại tỉnh Quảng Nam và Quảng Ninh.