Mặn là stress phi sinh học chủ yếu đe dọa tăng trưởng vàphát dục của cây lúa trên toàn cầu. Để có được kiến thức về cơ chếchống chịu mặn ở mức độ phân tử, người ta tiến hành thử nghiệmgiống lúa phản ứng với stress mặn, rồi thực hiện phương pháp phântích “integrative meta-analysis” (pp tích hợp quy mô lớn) để tìm kiếmnhững gen chủ chốt có trong phản ứng chống chịu mặn. Phương pháp “genome-widemeta-analysis”, sử dụng kỹ thuật microarray vàdữ liệu RNA-seq để xác định các gen thể hiệnkhác nhau có tên là DEGs (differentiallyexpressed genes) được nghiệm thức xử lý mặn của nhiều giống lúa khácnhau. DEGs sau đó được xác định chínhxác bằng kỹ thuật meta-QTL analysis. Cótất cả 3449 DEGs được phát hiện trong 46meta-QTL, trong đó, người ta tìm thấy 1286 DEGs trong rễ lúa, 86trong chồi thân, 1729 trong cây mạ và 348 DEGs trong mô lá lúa. Chúthích chức năng của chỗi trình tự gen DEGs định vị trên những meta-QTLs chothấy rằng: những tiến trình sinh học có liên quan (e.g., vận chuyểnion, điều tiết sự phiên mã, tổ chức thành tế bào và cải biên cũngnhư phản ứng với stress) và các chức năng có tính chất phân tử (e.g.,hoạt động của transporter, hoạt động của yếu tố phiên mã và hoạtđộng hệ men oxidoreductase). Đáng chú ý là, 23 gen ứng cử viên đượctìm thấy ở vị trí Saltol vànhững vùng điểm nóng trên các QTLs được công bố trước đây; đốivới thành phần năng suất và duy trì trạng thái bảo hòa ion tại khôngbào (ion homeostasis traits); trong số đó, có nhiều gen chưa được côngbố đối với phản ứng stress mặn. Vài gen ứng cử viên được tìm thấylà pectinesterase, peroxidase,transcription regulator, high-affinity potassium transporter, cell wallorganization, protein serine/threonine phosphatase, và CBSdomain containingprotein. Như vậy, giống lúa chống chịu mặn sử dụng cơchế định tính đặc biệt là độ nhạy cảm (sensing) và truyền tín hiệu(signalling) khi thụ thể bắt được tín hiệu stress mặn, điều tiết hoặcphiên mã, duy trì trạng thái bảo hòa ion (ionic homeostasis), và phảnứng ROS (Reactive Oxygen Species) khi có stress mặn xảy đến cây lúa.