CNSH Nông nghiệp
Chiến lược eQTL mapping trong nghiên cứu di truyền cây đa bội thể
(link.springer.com/ - 24/08/2020):

Người ta mô phỏng theo thuật toán để khắc phục sai số phân tích, bằng kỹ thuật mới có tênlà eQTL mapping trong nghiên cứu cây trồng dị đabội thể (allopolyploid) và đưa ra quy trình hướng dẫn cácháp dụng eQTL mapping. Kỹ thuật RNA-seq gầnđây đã trở thành kỹ thuật chính trong nghiên cứu eQTL (e: có nghĩa làexplained). Tuy nhiên, hầu như chỉ được áp dụng cho cây trồng lưỡngbội. Nhiều loài cây trồng có giá trị kinh tế cao và quan trọng chomôi trường thuộc thực vật đa bội thể, cách tiếp cận với eQTL mapping vẫn chưa được phát triển đầyđủ. Có sự tương đồng rất lớn  giữa những genlập đoạn (duplicated genes) trong cây polyploids sẽ gây ra việc sắp xếpnhầm lẫn  các reads của kết quả chạy trình tự DNA; vàcũng có thể gây ra những kết quả dương tính giả (false-positiveresults), thiếu khả năng tìm kiếm những QTL có thể giải thích đượcbiến thiên kiểu hình:  eQTL. Theocông trình nghiên cứu này, lần đầu tiên người ta khai thác thành côngtính chất đồng dạng của phân tử transcripts (homoeologous) của sinh vậtđa bội. Một là, người ta thấy 5–20% gen (biến thể của hệ gen sinhvật) đặc biệt của những cây trồng quan trọng như lúa mì, đậu nànhvà cỏ switchgrass, mức đa dạng giữa những genome có tính chất lậpđoạn (duplicated genomes) rất thấp, thực hiện chức năng đọc trình tự.Hai là, tác động của đọc sai (misassigned reads) trên đoạn phân tử eQTL mapping, phản ứng dương tính giả cũng như âmtính giả có thể bùng lên rất mạnh mẽ. Ba là, khi so sánh 4 nghiệmthức (NT) về kỹ thuật đọc có tính chất không rõ ràng như vậy(ambiguous reads): (NT1) ambiguous reads táchbiệt ra giữa những phân tử transcripts đồng dạng, (NT2) chia trình tựcho chúng theo tỷ lệ (assigning proportionally), (NT3) sử dụng tất cả reads đối với tất cả genes, và (NT4) loại rahẳn những ambiguous reads (kết quả đọc không rõ). Kết quả nghiệm thứcloại bỏ hẳn những kết quả đọc không rõ cho kết quả cân bằng tốtnhất giữa mức độ dương tính giả và âm tính giả đối với hầu hế genđích. Tuy nhiên, đối với gen nào rất giống nhau giữa những genomes,việc thực hiện tất cả reads chỉ làmột cách lựa chọn mà thôi. Điều này dẫn đến làm suy giảm khả năngcủa kỹ thuật di truyền nói trên, nhưng tỷ lệ dương tính giả sẽ vầnduy trì. Người ta thảo luận QTL mapping trongcây trồng đa bội thể thông qua ASE (allele-specificexpression); chỉ ra rằng: tần suất nào của những reads mang tínhchất ASE-informative đều có mức biến dạng có ýnghĩa, tùy theo mức đa dạng di truyền của những gen tương đồng(homoeologous genes).

 
Tin tức khác
Xác định loại enzyme tạo điều kiện cho việc ghép giữa các cây thuộc họ khác nhau
Chỉnh sửa gene gia súc
Gen điều khiển anthocyanine của cây ớt (Capsicum annuum L.)
Giống cây trồng chuyển nạp gen Bt không ảnh hưởng đến động vật không xương sống trong đất
Di truyền tính chống chịu khô hạn của khoai lang
Thông báo
Thông báo chuẩn bị hồ sơ đăng ký giao trực tiếp thực hiện từ năm 2019 thuộc Chương trình CNSH
Thông báo số 1: Hội nghị Công nghệ sinh học toàn quốc – Khu vực phía Nam lần thứ II năm 2011
Quyết định 490/QĐ-BNN-KHCN điều chỉnh cá nhân chủ trì đề tài thuộc “chương trình trọng điểm phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học trong lĩnh vực nông nghiệp và ptnt đến năm 2020”.
THÔNG BÁO TUYỂN CHỌN TỔ CHỨC VÀ CÁ NHÂN CHỦ TRÌ NHIỆM VỤ KH&CN
Kết quả khảo nghiệm đánh giá an toàn sinh học đối với đa dạng sinh học và môi trường
Văn bản mới
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thông báo giao trực tiếp tổ chức, cá nhân thực hiện nhiệm vụ KHCN...
Quyết định 490/QĐ-BNN-KHCN điều chỉnh cá nhân chủ trì đề tài thuộc “chương trình trọng điểm phát triển...
Quyết định phê duyệt danh mục nhiệm vụ khoa học và công nghệ đưa vào tuyển chọn, giao trực tiếp bắt đầu...
Về việc cấp bằng bảo hộ giống cây trồng mới (kèm danh mục)
Bổ sung 71 chỉ tiêu tuyển sinh đào tạo thạc sĩ năm 2011 cho Trường Đại học Lâm nghiệp
Về việc giao dự toán NSNN năm 2011(Kinh phí bổ sung sự nghiệp khoa học Công nghệ năm 2011- nhiệm vụ cấp...
Giao dự toán ngân sách nhà nước năm 2011 (đợt 4) Kinh phí xử lý sự cố đê điều năm 2011 (Phụ lục kèm theo)
Tài Liệu mới
Rút ngằn thời gian vi nhân giống lan hồ điệp
Công nghệ sinh học trong nông nghiệp
Ảnh hưởng của các yếu tố sinh học lên sự nảy mầm
Kỹ thuật trồng hoa lan Mokara
Liên kết Website
Vụ khoa học công nghệ và môi trường bộ NN và PTNT
Viện công nghệ sinh học
Bộ nông nghiệp vf phát triển nông thôn
Agbiotech Việt Nam
Báo Nhân Dân
Trung tâm Khuyến nông Quốc gia
Thống kê truy cập
Số người đang online: 29
Tổng số lượt truy cập: 1962396
Ngân hàng Nông nghiệp và phát triển nông thôn
Copyright © 2011 Văn phòng Công nghệ sinh học - Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn
Địa chỉ : Số 02 Ngọc Hà, Ba Đình, Hà Nội. Điện thoại : (024) 38436817 - Fax: (024) 38433637
Email: webmaster@agrobitotech.gov.vn. Web site: www.agrobiotech.gov.vn